Meskipun M1 Mac Mini dapat bekerja di dalam cangkang Nintendo Swap, gamer juga dapat menginstal sistem operasi alternatif pada perangkat keras konsol. Linux, yang sering memainkan biola ketiga untuk sistem operasi Home windows dan Mac, adalah opsi yang layak untuk pengguna yang berfokus pada recreation, seperti yang digunakan di konsol portabel Valve Steam Deck. Wii-Linux, seperti banyak aplikasi yang memanfaatkan Wii di luar kemampuannya yang diketahui, dapat diinstal melalui Homebrew Channel. Pengguna dapat memilih dari berbagai distribusi, termasuk Gentoo, Arch Linux, dan Debian, hanya untuk beberapa nama saja.
Cara alternatif untuk menginstal Linux yang mungkin lebih disukai beberapa orang dapat dilakukan melalui eksploitasi BootMii. BootMii adalah sistem yang dirancang oleh Group Twiizers untuk memungkinkan kontrol Wii tingkat rendah sepenuhnya. Sistem BootMii membajak proses boot sebelum proses “boot2” regular dijalankan, secara opsional memungkinkan kode dijalankan langsung dari Kartu SD.
Ini memiliki banyak keuntungan, seperti membuat bata sangat sulit, dan memperlambat Nintendo memblokir homebrew. Mereka yang lebih memilih alternatif untuk Linux harus melihat ke sistem operasi seperti FreeBSD, sistem operasi mirip-Unix free of charge dan open-source yang digunakan untuk memberi daya pada server trendy, desktop, dan platform tersemat.