Pusat keberhasilan perjalanan adalah peralatan navigasi di atas kapal. Di kutub magnet planet, peralatan navigasi konvensional rusak, karena tidak dapat mengandalkan medan magnet bumi untuk orientasi. Ada beberapa kekhawatiran bahwa Nautilus akan hilang di kutub utara, tetapi kru yakin instrumen akan menang.

Untuk sebagian besar perjalanan mereka, awak Nautilus mengandalkan perhitungan mati, proses mengarahkan diri Anda melalui tengara serta perkiraan kecepatan dan arah, dan juga menggunakannya dalam penyeberangan, terutama di kutub ketika instrumen kurang dapat diandalkan. . Tetap saja, para kru tidak harus mengandalkan perhitungan mati untuk sebagian besar perjalanan, berkat kompas Sperry di atas kapal. Nautilus memiliki Sperry MK 19, yang sebelumnya telah digunakan untuk melakukan perjalanan ke garis lintang 86 dan 87 derajat utara, dengan kinerja yang baik. Kompas gyro Sperry mampu mencari arah utara sekaligus memberikan informasi arah untuk menemukan posisinya.

Awak menggunakan kompas, yang tetap benar sampai antara 88 dan 89 derajat utara, kemudian menggunakan perhitungan mati untuk melakukan penyeberangan. Begitu mereka berada 17 mil di luar tiang, para pelaut mematikan Sperry, membaliknya 180 derajat, dan menyalakannya kembali. Sepanjang jalan, mereka memeriksa kinerja MK 19 melawan dua instrumen Sperry lainnya, MK 23 dan Sperry Gyrosyn. Seluruh instrumen tetap sesuai, memberikan kepercayaan tambahan pada navigasi kapal.